Το Μηναγιώτικο Μονοπάτι Natura 2000 διαπερνά την κοιλάδα του Μηναγιώτικου ποταμού, ο οποίος πηγάζει από την περιοχή των Κάτω Αμπελοκήπων και εκβάλλει δυτικά της Φοινικούντας.
Κατά μήκος του ποταμού έχουν εντοπιστεί 13 υδρόμυλοι και 1 υδροτριβή, ενώ κατά μήκος του μονοπατιού εντοπίζονται 7 από αυτούς.
Το νότιο τμήμα του μονοπατιού διατρέχει προστατευόμενη περιοχή του ευρωπαϊκού δικτύου Natura 2000, ενώ το βόρειο, αν και εκτός Natura, συμβάλλει στην ουσιαστική βελτίωση της οικολογικής συνοχής του, καθώς αποτελεί πρόσθετο καταφύγιο για σημαντικά είδη. Παράλληλα, η περιοχή εμπεριέχει σημαντικούς τύπους οικοτόπων (Οδηγία 92/43/ΕΟΚ) όπως, δάση πλατάνου (orientalis), δάση αγριελιάς και χαρουπιάς, δάση Αριάς (Quercus ilex) και μεσογειακά πευκοδάση. Επίσης, στην βόρεια αφετηρία του μονοπατιού βρίσκονται 3 μνημειακά δέντρα του «Δικτύου Αιωνόβιων Δέντρων Ελληνικής Επανάστασης» και μεταξύ αυτών η γηραιότερη Λυγαριά της Ελλάδας.
Έτσι, η χλωρίδα της περιοχής ευνοεί την παρουσία σημαντικών ειδών πανίδας όπως, τσακάλι, αλεπού κ.α. Το μονοπάτι βρίσκεται εντός της δυτικής μεταναστευτικής διαδρομής των πτηνών στην Ελλάδα, σε μια από τις νότιες άκρες των Βαλκανίων. Ως εκ τούτου, φιλοξενεί 3 σημαντικά απειλούμενα είδη μεγάλων αετών, τον Στικταετό (Aquila clanga), τον Βασιλαετό (Aquila heliaca) και τον Χρυσαετό (Aquila chrysaetos)..
Ιστορικά αξίζει να σημειωθεί ότι, υδρόμυλοι του Μηναγιώτικου ποταμού αποτυπώνονται σε βενετικούς χάρτες του 1690 (Β΄ Ενετοκρατία). Ακολούθως, σημαντική είναι η αναφορά στο Μηναγιώτικο ποτάμι από το Γάλλο φιλέλληνα Σατωμπριάν κατά τη διαδρομή του από Μεθώνη προς Κορώνη το 1806. Ακόμη, κατά μήκος του μονοπατιού, το 1825 έλαβε χώρα η πρώτη πολεμική σύγκρουση μεταξύ Ελλήνων και Τουρκοαιγυπτίων (Μάχη Κάτω Μηναγίων). Επίσης, η Γαλλική Επιστημονική Αποστολή του Μοριά στο πόρισμα των εργασιών της αναφέρεται στο Μηναγιώτικο ποτάμι (Άνοιξη 1829). Τέλος, στην περιοχή της βόρειας αφετηρίας του μονοπατιού βρίσκεται, το διατηρητέο Δημοτικό Σχολείο Κάτω Αμπελοκήπων, που αποτέλεσε Αρχηγείο Εθνικής Αντίστασης Νότιας Μεσσηνίας κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου (1941-1944) καθώς και ένα σημαντικό βενετικό οχυρό.
